歷史上泉州人移民入台，
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，推動了台灣的開發建設，
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，同時也將宗教信仰傳入台灣。館中「諸神同祀」展廳，
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，展示台灣的宗教和民間信仰，
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，多數傳自福建。閩台共奉的神像，
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，佛教有觀音菩薩、清水祖師和三平祖師等，
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，道教有天尊、玉皇上帝、太上老君、真武大帝及張法主宮等，
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，民間信仰更多，
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，包括城隍、土地公、媽祖、關帝、保生大帝、開漳聖王、廣澤尊王、臨水夫人、王爺等。台灣許多神像均自福建分靈，
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，許多廟宇更與福建的同名同規格；比如鹿港龍山寺，便是西元1786年按安海龍山寺一比一原貌建成。福建傳統小吃如蚵仔煎（海鱺煎）、肉粽、麵線糊、春捲等，也均隨著移民傳入台灣。博物館館長林建春說，常有台灣學生來博物館參訪，才驚覺原來閩台兩地這麼像！「移民渡台的同時，會攜帶有祖籍地的神像或隨身攜帶護身符，祈求神明保佑；等到墾荒成功，他們就在當地建廟、塑金身，以謝神恩。」林建春指出，在台灣，以媽祖信仰最為廣泛，從福建分靈的媽祖廟有500多座；另外，關帝廟有300多座、清水祖師廟300多座、保生大帝廟200多座、廣澤尊王廟150多座，以法主公為主神的廟宇有19座。泉州開元寺是福建省內規模最大的佛教寺院，始創於唐初，在清初鄭經時代，福建移民也在台南建造開元寺，是當時台灣第一大佛寺。艋舺龍山寺、鹿港龍山寺分別建於清乾隆三年（西元1738年）、清乾隆五十一年（西元1786年），都是源於安海龍山寺。另外，福州古田臨水宮，是閩台兩地供奉臨水夫人的祖廟；泉州富美宮，則是閩台王爺廟的總部。台南城隍廟是台灣最早的城隍廟，為鄭成功收復台灣後所修建；清乾隆之後，台灣城隍廟漸多，許多城隍神是從安溪、同安、晉江永寧分靈。，