胡宗賢在法院審理時，
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，辯稱不知自己是如何寫下炸彈計畫的，
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，一切都是「幻聽指示」，
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，但醫院鑑定認定他並無幻聽。他的辯護律師另也指檢警違法採證，
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，不具證據能力；法官雖認為檢警採證有瑕疵，
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，但高鐵炸彈案是危害性大、與公共利益有關案件，採證有效。
新北地院首度開庭審理高鐵炸彈案時，當律師的胡宗賢當庭聲稱不了解法官告知的相關訴訟權利，並批檢方未調查對他有利證據，包括他患重大疾病多年；他還秀出有多條刀疤的左手，稱自己有多次自殺紀錄，但這些證據未見起訴書中。
胡宗賢說，他天馬行空的筆記「無事文摘」，被檢方當作犯罪證據，他對檢方起訴和建議繼續羈押理由「佩服得五體投地」。他還當庭激動地說「我要告發承辦檢察官教唆我用硝化甘油炸高鐵」，涉嫌教唆殺人，並問坐在他對面的公訴檢察官「你要否認嗎？」還說：「我依檢察官指示，正在計畫中。」
胡宗賢稱因生病影響精神和情緒，並說有幻聽症狀，炸彈案都是幻聽的指示。法院委託醫院鑑定，認定胡的行為不符幻聽的臨床症狀。
胡宗賢的辯護律師曾向合議庭提出，胡三年前涉搶奪案而被警方採集ＤＮＡ並建檔，最終獲不起訴，但檢警卻未依採樣條例刪除胡的ＤＮＡ樣本；卻以未刪除的樣本比對，辦案程序違法，扣案證據完全不能作為證據，全案應判無罪。
合議庭指出，檢警採證雖有瑕疪，但依刑事訟訴法規定，檢警違背法令程序所取得的證據有無證據能力，應審酌人權保障及公共利益的「比例原則」。高鐵炸彈案是危害性大且與公共利益有關的社會案件，檢警比對後查出胡涉案而發動搜索，無損胡的財產，採證有效。，