總統馬英九多次公開宣示要在立院臨時會通過三大法案，
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，包括兩岸協議監督條例、服貿協議及自由經濟示範區特別條例，
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，但行政院對此態度保留。政院官員透露，
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，除考監人事案「政院沒有立場」之外，
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，策略是先拚示範區條例在一次臨時會「至少要先出經濟委員會的門」逕付二讀，
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，進入法案協商階段，
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，再求在二次臨時會三讀通過。
官員表示，
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，臨時會前二周處理考監人事，第三周才審議法案。政院內部評估，示範區條例爭議較高的部分可以「彈性處理」，如國際醫療的就診資格、教育創新中的陸生招收以及農業加值中的內銷比率等，總體目標是求該條例能順利過關，「先求有再求好」。
至於兩岸協議監督條例以及服貿協議，官員表示，不敢過度樂觀，雖然仍列優先重大法案，且已排入議程，但務實做法是「暫時擱置」。
官員指出，國際醫療專區被部分民間團體批評將排擠國內醫療資源，在現行健保制度之外另立特區，國內高所得者可能轉往示範區就醫；為了解決爭議，行政部門考慮對「就診資格」採取嚴格門檻，即對台灣居民設置一定門檻，除有特殊必要，否則不得到示範區就醫。
教育創新部分，官員指出，主要爭議仍在陸生招收，特別是台聯幾乎是「全面反對」；此部分若真成關鍵，行政部門也做好退讓的打算，只是如此一來，可能也會大大影響教育機構招生成效。
農業加值部分，官員透露，原本示範區享有百分之十的農產品免徵營所稅，但為避免過度衝擊國內業者，農委會已同意改為都不可以內銷。，