國內為數眾多的財團法人常被質疑變成「避稅工具」、「私人金庫」，
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，財政部全面檢視相關租稅法令，
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，發現現行所得稅法第四十二條太寬鬆，
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，這次修法決定一併調整。知情官員表示，
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，財團法人常被汙名化，
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，被當成規避稅負的工具，
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，或以公益之名成為私人小金庫等，
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，行政院日前已提出財團法人法草案，
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，透過專法加強監督管理。面對外界質疑，財政部也重新檢視相關稅法規定，發現現行所得稅法四十二條規定，財團法人等機關、團體投資的股利收入不計入所得課稅；因財團法人不能分配盈餘，沒有重複課稅問題，卻跟一般有分配盈餘的營利事業享有相同規定，明顯過於寬鬆。官員指出，為了消除重複課稅，在兩稅合一設算扣抵制度下，營利事業取自轉投資事業的投資收益，不計入所得課稅，無論轉投資層次的多寡，投資收益僅在營利事業階段課徵一次營所稅，等到盈餘分配予個人股東時，由個人股東合併綜合所得總額課稅。這次廢除兩稅合一設算扣抵制度，僅修正個人股利所得課稅方式，公司取自轉投資事業的投資收益，仍維持僅課徵一次營所稅。對於沒有重複課稅問題的財團法人等機關團體，則刪除「獲配股利或盈餘不併計所得額課稅」的規定，讓稅制更合理。一位學者表示，有不少企業集團捐贈成立財團法人，這些財團法人又投資上市櫃股票，變成這些企業集團的控股單位，備受質疑。這次稅法修正對遏止規避稅負情況有幫助，但若要解決財團法人淪為控股單位問題，仍待相關法令進一步限縮財團法人買賣上市櫃股票持股上限，才能有效改善不合理現象。，