企業如果同時符合產業創新條例和中小企業發展條例的投資抵減規定，
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，國稅局表示，
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，只能在申報時擇一填報，
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，且在當年度結算期間屆滿後不得變更，
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，才不會重複適用租稅優惠。過去一年投入研究的企業，
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，若要適用產業創新條例或中小企業發展條例中的「研究發展支出投資抵減」，要在5月31日前提出申請，以免無法適用該項優惠。「研究發展支出抵減」需要向中央目的事業主管機關申請專案認定，而非直接向國稅局申報，企業要特別留意申請時程和所須文件。國稅局解釋，符合條件的公司或中小企業，如有專門用於研究發展或使用的專用技術，或是專用於研究而購買的資料庫、軟體程式和系統，或有委託國內外大專院校、研究機構人員研究的費用，或是和國內外公司、大專院校或研究機構共同研究發展的支出，前述四種支出就可適用抵減的優惠。依規定，企業應在辦理當年度營業事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，附上相關證明文件，向中央目的事業主管機關提出申請。在主管機關認定企業的研發支出符合資格要件、獎勵範圍後，才能在申報營利事業所得稅時適用投資抵減的獎勵。至於申請日的認定，是以申請書送達中央目的事業主管機關之日，或交郵當日的郵戳所載日期為準。企業的投資抵減若能成功適用，未來的財務規畫可以更具彈性。舉例而言，根據中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法，符合中小企業條件者，從事具創新性質的研發活動，該筆研發支出可以選擇用「抵減率15%，抵減年限一年」或「抵減率10%，抵減年限三年」兩種方式，抵減當年度或當年度起三年內之營所稅額，但不得超過當年度營所稅額30%。，