健保實施總額支付制度對病患到底有沒有好處？從台大公衛學院針對住院中風患者的研究來看，
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，死亡率下降的幅度微乎其微。
為了抑制醫療支出逐年攀升，
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，健保署從2002年開始全面實施論量計酬為基礎的總額支付；在這樣的制度下，
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，每年以協商方式決定來年的預算，
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，萬一明年的醫療費用超過這筆預算，
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，醫院拿到的錢會打折給付。
台大健康政策與管理研究所副教授董鈺琪蒐集1997年到2010年曾經住院中風的41萬1487名病患，
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，並比較2002年總額支付制度實施前後發現，醫院在電腦斷層與磁振造影的使用率在總額實施後馬上上升4.21%，並且以每季0.31%的速度增加。
雖然高階健檢儀器、物理治療及降血脂藥物使用都有攀升，但這些中風病患30天死亡率並沒有顯著下降；總額制度實施前每季死亡率降幅是0.11%，實施總額後降幅反而縮小到0.05%。
董鈺琪推測，論量計酬的總額支付給醫院帶來營運壓力，醫院一方面提供可以賺錢的服務項目，也減少不能賺錢的項目或降低護理人力，是導致病患死亡率下降趨緩的主因。
根據健保署統計，住院病患電腦斷層執行率從2003年的9.24%，上升到2013年的11.6%、磁振造影執行率十年內也是從2.27%成長到3.91%，去年光是電腦斷層就花了健保68億2千萬元。
新光醫院神經內科加護病房主任連立明表示，懷疑中風的患者做電腦斷層或磁振造影是標準作業程序，才能判斷到底是出血性或阻塞性中風，兩者的治療方針也會不一樣。
連立明說，以前沒有這些儀器，醫師無法判斷病情，才是導致中風死亡率偏高的主因；但也有醫師認為醫療糾紛頻傳，電腦斷層已經變成例行性檢查項目，反而助長防禦性醫療。，