王丹出生於一九六九年，
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，父母親均是北京大學校友，
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，一九八七年考入北大國際政治學系就讀；在校時曾主持「民主沙龍」，
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，成立「當代社會問題研究社」，
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，以及編輯「新五四」等刊物，
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，亦是北京高校學生自治聯合會的負責人。
一九八九年六四天安門學運期間，王丹與吾爾開希、柴玲等同為學生領袖，六四後，王丹名列全大陸通緝廿一名學生領袖名單第一位；因拒絕流亡海外，一九八九年七月在北京被捕，關押於秦城監獄，一九九一年判刑四年。
一九九三年獲釋，因繼續從事政治反對運動，一九九五年再次被捕，隔年遭「陰謀顛覆政府罪」判刑十一年。一九九八年美國總統柯林頓訪大陸前夕，以「出於人道主義考慮」之名，允許王丹保外就醫並遞解前往美國底特律。
王丹抵美後進入哈佛大學就讀，二○○八年取得哈佛歷史暨東亞語言學博士學位，原可赴澳洲教書，但決定選擇到台灣，並陸續在政大、清大等校擔任客座教授；今年三月太陽花學運期間，曾與吾爾開希現身立院議場聲援。
王丹攻讀博士時，寒暑假期間經常來台灣與學者、或青年學生交流，住處多選在劍潭青年活動中心；因太陽花學運領袖之一陳為廷是其清大學生，加上曾親身參與六四民運背景，對台灣與香港的民主運動十分支持。，