柯文哲公開徵求市府小內閣局處長，
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，由I-Voting退而採純遴選。人選範圍也大幅度縮小，
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，他雖自稱弄得「鼻青臉腫」，
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，團隊成員跟他翻臉的卻一個接著一個。七個市政顧問拂袖走人，
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，更多人表示從此要對柯市長嚴加監督。
這其中有沒有利益衝突因素？沒證據不敢妄加揣測。浮上檯面的爭議，
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，是彼此對「人才」認知不同。即柯文哲認為的「人才」，
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，許多遴選委員卻不同意。更因柯文哲稱徵才是「跟著制度走」，
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，爭議不下時採「制度」棄遴選委員，引發「黑箱作業」質疑。
社會局長、文化局長、環保局長三人遭反對最烈，認為他們的專業性不夠。柯文哲解釋，他有三項考量：專業、能否和團隊運作良好、任務導向。這個解釋，反映出首長所需的人才，除了專業，還有其他條件，即「能否和團隊運作良好」與「任務導向」。後兩項隱藏著不宜說得清楚的東西，這就叫「政治」。
譬如，他要用自己信得過的人，任命台大醫師許立民為社會局長，應該就有專業以外的考量，因兩人熟悉，他相信許立民在團隊運作和「任務導向」工作中，會和他配合得很好。但人人是專家的遴選委員們，找不到許立民有做社會局長的專業，忘了他兩人很熟悉。
環保局長劉銘龍，現任翡翠水庫管理局長，由於他在柯文哲創議建北宜直鐵，環保人士群起抗議，身為主管官員的劉銘龍卻態度曖昧，懷疑被「收買」，如今發布為環保局長，引起激憤。
倪重華是流行音樂界「大老」，他任文化局長，文化界嘲諷此後台北文化局將淪為「康樂局」。何謂「文化」？眾說紛紜，但眾說都有理，如果文化中還摻雜政治元素，那就更說不清楚了。龍應台當過台北市文化局長，後來又當文化部長，在這波內閣總辭中，她第一個提出辭呈。日前她表示，這其間她的朋友見面或打電話，常問的一句話是「何時辭職」？而她一直在打算辭職。
柯文哲延聘倪重華，總有他的道理，倪重華接下這職位，也一定有他的想法。他若有志發揮專業，提升流行音樂的質與量，使之能與世界爭個長短，或至少使台灣的唱將們不必非去大陸討名聲不可，只要做出成績來，文化界理應尊重。
姚立明妻楊芳玲出任法務局長，理論上二人各是獨立團體，並未違背姚立明不入小內閣的承諾。不過，柯文哲已坦承鄧家基任副市長是姚立明推薦的，那麼姚立明為何不可能「內舉不避親」？有法務專業的人，光台北市就不知有多少！
柯文哲表示，「外界期望太高」，這個說法有點「耍賴皮」；正因為外界對他有高度期望，他才會在選舉中拿到那麼多選票。他在選前也以「開放政府，全民參與」的高期望值訴諸選民。如今遇到了檢驗，就降低標準，有打算支票退票之嫌。
柯文哲現象，選前是一種，便是「政治素人」隨便說話，逗大家高興就好。選後是另一種。進入體制需運作團隊，才發覺罵人容易做事難，過去必欲打倒的一些規矩，現在還非照著做不可。
馬英九之敗，關鍵之一是改革，人人喊改革，改革到自己身上時，便恨得咬牙切齒。九合一選舉國民黨大敗，據說黨內要成立「復仇聯盟」，還要打馬英九。柯文哲謹記，當年馬英九何其風光，如今謀個安靜看守猶不可得。慎之，慎之。，