外界憂心大陸海協會在台辦事機構將變成香港中聯辦，
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，介入台灣內政。陸委會主委王郁琦昨天指出，
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，如果發現海協會駐台人員有不當行為，
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，依據法令政府可做必要處置，
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，輕則口頭警告，
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，重則請該人員離境；如果機構違規，
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，最重將撤銷對機構的許可。
立法院內政委員會昨天舉行兩岸兩會互設辦事機構條例草案公聽會，
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，中央警察大學副教授董立文在會中指出，他無法確定海協會在台的辦事機構是不是類似於香港中聯辦，但他可以確定，中共一定會想辦法把海協會變成香港中聯辦，政府要有評估和因應做法。
金門大學國際暨大陸學系助理教授邱垂正則表示，他有香港友人好意跟他說：「你們台灣怎麼爭取一個中聯辦過去？」他說，從「許家屯香港回憶錄」中可知，從一九八三到一九八九年香港中聯辦表面上是功能性，實質上是做政治工作，包括收買媒體、控制輿論等，落實一國兩制為目的。
董立文在會後表示，在香港回歸之前，香港中聯辦是「以商圍政」，當時主要拉攏大企業，再用陸資進入香港，但他預判，如果海協會來台設辦事機構，將會針對台灣中小企業以及中南部的基層民眾「下手」。
台灣關懷中國人權聯盟理事長楊憲宏則說，大陸人民向官方上訪常求訴無門，如果他們到海協會駐台北的機構上訪，政府要如何處理？他們如果到海基會北京的機構上訪，政府接不接受？甚至像盲人律師陳光誠尋求政治庇護，政府會接受嗎？
陸委會指出，將大陸海協會來台設辦事機構類比為香港中聯辦，是不當的曲解附會；台灣並非香港，我方也絕不會允許大陸駐港中聯辦的模式在台灣出現。此外，兩會辦事機構履行業務必須尊重對方的法律，不能介入對方的內部事務，這是雙方須共同遵守的規範。
對於兩岸兩會互設辦事機構條例草案，在野黨指稱執政黨先立法後協商的作法是「空白授權」，王郁琦表示，法律草案已納入「基於對等原則」，只要對方未給我方同等待遇，即便法律條文中有規定，我方還是可依據對等原則來駁回對岸的要求。，