立法院甫通過的「通訊保障及監察法」修正案，
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，因未同時修正延後生效條款，
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，應於何時生效起爭議；法務部與行政院法規會研究後，
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，確認新法應於總統公布之日起五個月施行。法務部意外獲得五個月緩衝時間，
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，將推動再次修法。
在這等待新法生效的五個月內，
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，檢察官仍依現行法律規定辦案，
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，有權依辦案需求調取通聯紀錄。
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，除有特定施行日期外，法規自公布或發布之日算至第三日起發生效力。不過，現行通保法第卅四條規定，「修正條文自公布日起五個月施行」，因這次修法時未修正，因而發生應於總統公布起三天或五個月才生效的爭議。
法務部官員指出，這次修法變動很大，多了五個月的時間，可供宣導教育。此外，修法嚴格限制檢察官調閱通聯紀錄；對與監察目的無關的合法監聽、違法監聽，排除在各項訴訟中使用；而公務員「挪為他用」一律處三年以下徒刑，過於嚴苛，甚至可能出現公務員拿監聽資料折紙飛機也觸法的情形；希望能再修法。
司法院官員表示，對法務部的認定表示尊重。至於立法院長王金平的確認黨籍存在官司，能否主張適用通保法新修的規定，排除特偵組意外監聽其為立委柯建銘案件關說的證據，引發爭議；因相關規定由立委提出，沒有立法說明，究竟如何適用，須由將來的審判定奪。
修正通過的通保法第十八條之一第二項規定，合法監聽，但與監聽目的無關所取得的監聽內容或衍生證據，不能作偵查、審判或其他程序（包括民事訴訟）的證據或其他用途，且須依法銷毀。，