洪仲丘之死引發軍方禁閉處罰的爭議。據了解，
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，總統府人權諮詢委員會兩年前即發現禁閉法規有牴觸兩公約之虞，
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，曾四次要求國防部說明並改善，
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，但皆未獲回應。
法務部官員認為，
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，洪仲丘禁閉案，
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，欠缺應由部隊副主官主持人事評議會的法規程序，
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，如果國防部早日依人權委員會要求提出說明，
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，並修訂合乎人權的關禁閉法律依據、程序和救濟管道，讓洪有權聲請提審等救濟，或許可以避免枉死的遺憾。
國防部昨天沒有正面回答「未回應人權委員會」一事，軍事發言人羅紹和表示，國軍士官兵禁閉及悔過懲罰是依據「陸海空軍懲罰法」辦理，而基於人權及安全考量，目前正研擬精進禁閉、悔過管理做法，以符合兩公約對人權保障要求，維護官兵合法權益。
二○○九年台灣簽署「公民與政治權利國際公約」、「經濟社會文化權利國際公約」等兩公約成為國內法，總統府並設人權諮詢委員會審查及推動國內相關法律的修訂，以符合兩公約標準。當時多名學者、律師發現，軍方關禁閉的程序恐違反兩公約。
人權諮詢委員會審查認為，關禁閉屬於拘束人身自由的刑事處罰，須有符合人權的法律程序和救濟管道為依據，因此在二○一一年六月四日、七月廿七日、十二月十七日和本月十六日的審查會，要求國防部說明決定關禁閉的過程和法律依據。
依二○一一年六月四日審查會會議紀錄，當時要求國防部說明軍中「關禁閉」狀況，包括：受到此處分的人數、拘禁時間、死亡及健康受侵害的數據，以及當事人有沒有權利聲請提審（救濟管道）及相關程序如何運作？但國防部始終沒有回應。，