國防部表示，
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，為維護與行使中華民國專屬經濟海域的權利，
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，我國前於民國87年1月21日制定公布「中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法」，
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，依該法第4條規定，
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，中華民國專屬經濟海域與相鄰國家重疊時，
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，以協議方式劃定之，
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，協議未能達成前，
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，得作成過渡時期之臨時安排，
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，但不妨礙最後分界線之劃定。
國防部指出，
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，行政院海岸巡防署依「海岸巡防法」第4條等相關規定，執行漁業巡護及漁業資源的維護事項，故該署為落實執行政府護漁政策，保障漁民海上作業安全及漁業資源，依職權於民國95年7月5日修正發布「行政院海岸巡防署護漁標準作業程序」，規定與菲律賓重疊的專屬經濟海域，暫以北緯20度以北為執行範圍，但該標準作業程序亦明定重疊海域在未完成與他國協商前，暫以「平等互惠」之原則處理；外國政府不當驅趕我國漁船時，則以對等立場對該國漁船於重疊海域採取相對應措施。
國防部強調，菲律賓公務船違反國際法相關規定，槍擊無武裝的「廣大興28號」漁船，為確實維護我國主權及保障漁民在專屬經濟海域的應有權益，中華民國海巡署及海軍艦艇依「中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法」相關規定，巡弋我國與菲律賓相鄰的專屬經濟海域，完全符合我國法律規定及聯合國海洋法公約，並無所謂穿越北緯20度線的爭議存在。，